Når Trafikstyrelsen er på tilsyn, anvendes typisk to reaktioner; Afvigelser og bemærkninger. I tilfælde hvor jernbanesikkerheden vurderes at kunne være i fare, kan afvigelsen være ledsaget af et påbud eller et forbud.
Afvigelse
Hvis Trafikstyrelsen i forbindelse med et tilsyn konstaterer, at en virksomhed ikke overholder egne sikkerhedsprocedurer, eller at virksomheden ikke i tilstrækkelig grad sikrer, at gældende krav til sikkerhedsledelsessystemer efterleves, er der tale om en afvigelse.
En afvigelse er en objektiv konstatering af, at et givent krav ikke til fulde er opfyldt. Afvigelser gives på skrift i en særlig afvigelsesrapport, som virksomheden skriver under på, eller på anden måde kvitterer for. Der foreligger således en skriftlig aftale mellem virksomheden og Trafikstyrelsen om, at virksomheden vil sikre løsning af afvigelsen.
Da en afvigelse ikke er en afgørelse i forvaltningslovens forstand, gælder reglerne om klagevejledning ikke.
Bemærkning
I nogle tilfælde finder Trafikstyrelsen under et tilsyn en række forhold, som virksomheden bør tage stilling til - uden at det dog er en decideret afvigelse. Bemærkninger er forhold, hvor styrelsen har fundet, at der ikke er fuld overensstemmelse mellem det observerede og tilsynsgrundlaget, men som på tilsynet ikke blev klassificeret som en afvigelse.
Bemærkninger registreres i det efterfølgende tilsynsnotat eller tilsynsrapport. Her foreligger altså ikke en skriftlig aftale, men det kan forventes, at disse forhold vil blive fulgt op af Trafikstyrelsen ved efterfølgende tilsyn.
Da en bemærkning er en beslutning, der træffes som led i selve forberedelsen og tilrettelæggelsen af sagsbehandlingen, er der ikke tale om en afgørelse i forvaltningslovens forstand, og reglerne om klagevejledning gælder ikke.